專利名稱：用于結(jié)合分子診斷法改進間質(zhì)性肺疾病的治療的干擾素γ或甲苯吡啶酮的新型藥物組合物的制作方法
技術(shù)領域：
本發(fā)明涉及改進治療所有形式的間質(zhì)性肺疾病，尤其是特發(fā)性肺纖維化(IPF)所用的新型藥物組合物，該組合物包含具有干擾素γ(IFN-γ)或甲苯吡啶酮的生物學活性的化合物，以及候選多核苷酸的診斷陣列。
背景技術(shù)：
間質(zhì)性肺疾病對疾病管理、研究、流行病學及特異療法的開發(fā)而言，該病的可靠診斷至關重要。
間質(zhì)性肺疾病(ILD)是一種異源性類群的肺部慢性炎癥反應。已知的不同形式ILD包括，例如，特發(fā)性肺纖維化(IPF)、過敏性肺炎、硬皮癥、系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類風濕性關節(jié)炎、丘-施綜合征、韋格納肉芽腫病，以及肺出血-腎炎綜合征。該疾病過程的特征在于損傷與過度但徒勞的組織修復嘗試的結(jié)合，其中后者使細胞生長的正常維持轉(zhuǎn)化為疤痕的進行性發(fā)展。該反應特征為重復性損傷；蛋白水解活性增強，以及細胞外基質(zhì)(ECM)組分中的組合物發(fā)生變化。這一結(jié)合導致細胞免疫應答偏移，并不斷誘發(fā)間質(zhì)生長。
細胞因子，如腫瘤壞死因子-α，以及生長介導因子，如轉(zhuǎn)化生長因子β1(TGFβ1)，均一直被牽涉在該疾病過程中。在這些介導因子中，TGFβ1很可能是最重要的一個介導因子，因為其具有強烈刺激間質(zhì)生長的活性，以及調(diào)節(jié)細胞免疫功能的能力。已知當動物模型過度表達TGF-β1時，將導致嚴重的肺纖維化(Sime PJ，Xing Z，Graham FL，Csaky KG，Gauldie J.活性轉(zhuǎn)化生長因子β1的腺載體介導基因轉(zhuǎn)移在大鼠肺部誘發(fā)長時間的嚴重纖維化。J Clin Invest 1997；100768-76)，并且在人類肺纖維化中也發(fā)現(xiàn)該介導因子的顯著過度表達(Broekelmann TJ，Limper AH，Colby TV，McDonald JA.轉(zhuǎn)化生長因子β1存在于人類肺纖維化中細胞外基質(zhì)基因表達位點上。Proc Natl Acad Sci USA 1991；886642-6)。TGF-β1的免疫調(diào)節(jié)作用是眾所周知的(Qin L，Ding Y，Bromberg JS.轉(zhuǎn)化生長因子β1的基因轉(zhuǎn)移通過對細胞介導的免疫性的抑制延長了鼠科動物心臟同種移植的存活期。Hum Gene Ther 1996；71981-8；Gilbert KM，ThomanM，Bauche K，Pham T，Weigle WO.轉(zhuǎn)化生長因子β1誘發(fā)了初始T細胞中的抗原特異無應答性。Immunol Invest 1997；26459-72；Lawrence DA.轉(zhuǎn)化生長因子β一般性綜述。Eur Cytokine Netw1996；7363-74.)。它包括對干擾素γ釋放的抑制(Naganuma H，SasakiA，Satoh E，Nagasaka M，Nakano S，Isoe S，et al.轉(zhuǎn)化生長因子β通過以腫瘤細胞刺激淋巴因子活化的殺傷細胞，從而抑制了干擾素γ的分泌。Neurol Med Chir Tokyo 1996；36789-95.)，對干擾素γ依賴性免疫反應的抑制(Lee YJ，Han Y，Lu HT，Nguyen V，QinH，Howe PH，et al.TGF-β通過抑制I I類反式激活蛋白信使RNA的表達抑制了干擾素γ對II類MHC基因表達的誘導作用。J Immunol1997；1582065-75.)，以及對免疫抑制性CD8+淋巴細胞的誘導(GrayJD，Hirokawa M，Horwitz DA，J Exp Med 180，1937-1942，1994.)。事實上，對進行性纖維化患者體內(nèi)細胞免疫性的調(diào)節(jié)的觀察已進行多年，甚至在形式上，清晰地代表了初始損傷的不同機制。最近的研究已經(jīng)證實特發(fā)性肺纖維化中的進行性瘢疤形成伴隨著有助于所謂T輔助細胞2型(Th2)反應形成的T淋巴細胞中細胞因子平衡的偏移(PriorC，Haslam PL.干擾素γ在纖維化間質(zhì)性肺疾病中的體內(nèi)水平及體外生成。Clin Exp Immunol 1992；88280-7.；Ziesche R，Kink E，HeroldC，Podolsky A，Block LH.結(jié)合干擾素γ及低劑量脫氫皮質(zhì)醇的慢性間質(zhì)性肺疾病療法。Chest 1996；11025S)。該反應的特征在于‘Th2’細胞因子，如白細胞間介素(IL)-4、IL-10和IL-13的增多，以及T輔助細胞1型反應的主要介導因子，即干擾素γ的減少或者甚至完全喪失(Majumdar S，Li D，Ansari T，et al.原因不明性纖維化肺泡炎(CFA)以及與全身性硬化相關聯(lián)的纖維化肺泡炎(FASSc)的組織細胞因子圖譜是獨特的開胸肺活檢的定量原位研究。Eur Respir J1999；14251-7.)。在博萊霉素誘發(fā)的肺纖維化中，干擾素γ基因的轉(zhuǎn)錄從第7天起減少，并于第28天便不再可被檢測。相反，也具有成纖維活性的IL-13的轉(zhuǎn)錄，(Romagnani S.Th1/Th2 cells.InflammBowel Dis.1999；5285-94.；Fallon PG，Richardson EJ，McKenzieGJ，McKenzie AN.轉(zhuǎn)基因小鼠的血吸蟲感染明確了IL-4與IL-13獨特且對照的致病作用IL-13為纖維變性原因子。J Immunol.2000；1642585-91.)，則于第7天開始增加。
與纖維化中的慢性炎癥反應形成對比，肺炎支原體感染導致的肺間質(zhì)組織急性炎癥的特征在于，Th1與Th2細胞因子基因，即IL-12和干擾素γ，以及IL-4同時轉(zhuǎn)錄。另外，該反應包括TGF-β1轉(zhuǎn)錄增加，可能是組織修復被激活的征兆。
令人遺憾地是，對IPF的識別通常較遲，導致基本上不可能評估該病中的早期細胞現(xiàn)象。不過，在對患有家族特發(fā)性肺纖維化，并具有不到一年時間的最大用力呼吸困難癥狀的個體中IL-4、干擾素γ、TGF-β1的mRNA累積的分析結(jié)果已經(jīng)證實了免疫平衡的偏移，以及TGF-β1轉(zhuǎn)錄的強烈活化作用。在患有特發(fā)性肺纖維化的個體小組中，我們發(fā)現(xiàn)TGF-β1基因的mRNA累積量高出正常肺部中累積量的7倍?？偠灾覀兊挠^察結(jié)果無疑驗證了病理學上加強的修復機制的特征。
修復強度直接受導致ECM和細胞組分周轉(zhuǎn)加強的炎癥機制的影響。結(jié)果是通常由多種感染劑誘發(fā)的慢性炎癥惡化了病理組織修復。
即使已知了成因物質(zhì)，目前還是沒有任何一種藥療法能夠充分治療器官纖維化。數(shù)百萬人死于功能器官組織的病理重構(gòu)對重要器官系統(tǒng)的緩慢破壞。這一不斷的過程被認為是主要由于纖維增生機制導致的纖維化或組織重構(gòu)。唯一的治療方法是伴隨有諸多高代價并發(fā)癥的器官移植。
纖維增生反應涉及肌體的所有器官。在氣體交換的肺組織中，纖維增生反應被稱為肺纖維化，在支氣管中，被稱為支氣管哮喘，在肝臟中，被稱為肝硬化，在腎臟中，被稱為腎小球硬化癥，在總循環(huán)中，被稱為動脈硬化和冠狀動脈硬化，在肺部循環(huán)中，則被稱為肺動脈高血壓癥。
這些病癥被統(tǒng)稱為纖維增生病。在纖維化中，人類的健康組織被肌體中結(jié)締組織和支持組織的成分逐漸取代。該過程基于組織細胞的病理學加速生長速率，而正常的該速率可實現(xiàn)常規(guī)傷口愈合。因此，可將纖維增生病定義為不可控加速的傷口愈合。在纖維化中，功能器官組織的取代持續(xù)進行，直至器官功能完全喪失。目前尚缺乏可利用的對所有纖維增生病的診斷與治療模式。
甲苯吡啶酮甲苯吡啶酮是一種口服活性小分子藥物，似乎可以抑制膠原蛋白合成，減量調(diào)節(jié)多個細胞因子的生成，并且在對細胞因子的應答中阻抑成纖維細胞的增生和刺激。在多重纖維變性適應癥中已被證實具有活性的甲苯吡啶酮目前處于對肺、腎臟及肝臟纖維變性疾病的II期臨床研究階段。
干擾素γ(IFN-γ)IFN-γ是一種協(xié)同其它細胞因子作用以發(fā)揮其廣泛效應的天然糖蛋白細胞因子。IFN-γ是分子量大約為17.000的天然存在的糖蛋白，現(xiàn)在也可通過重組技術(shù)商業(yè)性地生產(chǎn)獲得。
為改良其藥物代謝動力學特征，可通過聚乙二醇化修飾IFN-γ，獲得PEG-IFN-γ。除了注射技術(shù)以外，也可通過吸入肺部給藥IFN-γ以減少不希望的副作用。IFN-γ表現(xiàn)出抗病毒活性，并連同其它細胞因子在人類免疫系統(tǒng)中起到關鍵性的免疫調(diào)節(jié)作用(免疫刺激或免疫抑制效應，取決于細胞活化及定位)。IFN-γ的作用包括誘導MHC II類抗原，活化吞噬細胞，提高B淋巴細胞來源的免疫球蛋白生成量，以及增強NK細胞活性。
已有大量文獻論述了IFN-γ的普通抗纖維變性特性(Lortat-Jacob H，Kleinman HK，Grimaud JA.干擾素γ與基膜復合體(matrigel)的高親和力結(jié)合。J Clin Invest.1991；87878-83.；Narayanan AS，Whithey J，Souza A，Raghu G.γ干擾素對由正常和纖維變性人肺成纖維細胞所合成膠原蛋白的作用。Chest.1992May；101(5)1326-31；Hjelmeland LM，Li JW，Toth CA，Landers MB3d.兔眼中γ干擾素的抗纖維變性及uveitogenic(葡萄膜形成)特性。Graefes Arch Clin Exp Ophthalmol.1992；230(1)84-90；HydeDM，Henderson TS，Giri SN，Tyler NK，Stovall MY.鼠科動物γ干擾素在小鼠體內(nèi)細胞應答博萊霉素方面的作用。Exp Lung Res.1988；14(5)687-704.)。IFN-γ已被證實可致使TGF-β1表達降低，并同時減少纖維化的量(Giri SN，Hyde DM，Marafino BJ Jr.鼠科動物干擾素γ對小鼠體內(nèi)博萊霉素誘導的肺膠原蛋白纖維化的改善作用。Biochem Med Metab Biol.1986 Oct；36(2)194-7.)。當臨床條件下應用IFN-γ時，TGF-β1和CTGF的轉(zhuǎn)錄均于6個月的治療后顯著減少(Ulloa L，Doody J，Massague J.通過干擾素γ/STAT途徑對轉(zhuǎn)化生長因子-β/SMAD信號傳導的抑制。Nature 1999；397710-3.)。在患有IPF并接受IFN-γ的個體中，肺功能的同時改善為一種假說提供了補充依據(jù)，該假說即患肺纖維化個體中的間質(zhì)活動至少部分地依賴于TGF-β1和CTGF持續(xù)性的過度表達(Ziesche R，HofbauerE，Wittmann K，Petkov V，Block LH.對采用干擾素γ-1b和低劑量脫氫皮質(zhì)醇長期治療特發(fā)性肺纖維化患者的初步研究。N Engl J Med.1999；3411264-9；EP0795332A2.)。此外，這些研究結(jié)果表明IFN-γ的獲得性缺乏可能是進行性器官纖維化的過度傷口愈合過程特征的一個原因。
IFN-γ被證明是首個臨床可應用的抗纖維變性藥物。就任何內(nèi)源物質(zhì)而言，IFN-γ具有依賴于肌體內(nèi)現(xiàn)有條件的多效性作用。在一種過度的，但非炎癥或輕度炎癥傷口愈合，諸如IPF的情況中，該藥物發(fā)揮了強效高度有利的抗纖維變性的特性。不過，存在并發(fā)感染，諸如慢性細菌性、病毒性或真菌性感染的情況中，該藥物則增加了炎癥過程，甚至通過強化組織修復而加劇了纖維變性過程。
因此，為安全并有效地利用該藥物，有必要在應用該藥物之前對組織應答進行分子水平的衡量。在存在傷口愈合因子加強轉(zhuǎn)錄的情況中，IFN-γ基因mRNA轉(zhuǎn)錄的缺乏，可能在異常傷口愈合本身導致的纖維化與加劇的炎癥導致的纖維化之間充當了首個不明確的鑒別指標。對動物模型肺纖維化中基因表達模式最初的分析嘗試證實了這一指標區(qū)分纖維變性過程本身與伴隨機制的效果(Kaminski et al.，ProcNatl Acad Sci U S A 2000 Feb 15；97(4)1778-83對肺纖維化中基因表達的整體分析揭示了調(diào)節(jié)肺炎癥及纖維化的獨特程序；Katsumaet al.，Biochem Biophys Res Commun 2001 Nov 9；288(4)747-51通過cDNA微陣列基礎的基因表達譜圖對博萊霉素誘導的肺纖維化的分子監(jiān)測)。將分子診斷(與具有迥異的獨特定量、特異性表達的對照人群-健康個體或不同肺疾病患者相比較，對患病的ILD患者進行轉(zhuǎn)錄分析)與臨床條件下已證實效果的抗纖維變性藥物，如IFN-γ或甲苯吡啶酮相結(jié)合的藥療法為這些多功能疾病的首個生物醫(yī)學基礎的治療方法提供了基本步驟。
總而言之，IFN-γ療法的實際效果主要取決于四個條件
(a)證實肺組織中缺乏IFN-γ；(b)控制感染或其它先前存在或治療期間獲得的炎癥狀況；(c)對懷疑患有間質(zhì)性肺疾病的患者進行基因表達譜圖分析；(d)疾病相關癥狀持續(xù)時間，反映了完全結(jié)疤的程度。
臨床經(jīng)驗顯示，由于大量多種感染劑的存在，炎癥增加的反復階段是IFN-γ在ILD治療中失敗的最常見原因。因此，對采用IFN-γ成功進行抗纖維變性治療而言，炎癥與感染，尤其是外周支氣管感染的臨床和分子對照至關重要。
因此，本發(fā)明工作的目標是采用藥物組合物中含甲苯吡啶酮或IFN-γ的新藥物，結(jié)合候選多核苷酸的診斷陣列(基因芯片)改進對肺部疾病，尤其是ILD及其不同衍生形式的治療方法。
疾病相關基因表達圖譜隨著人類基因組計劃測序的完成，借助于對基因組范疇進行研究的能力將使生物醫(yī)學研究發(fā)生變革。
Arch Ophthalmol 2001 Nov；119(11)1629-34人類供體角膜中基因表達的微陣列分析。
Jun AS等人Ann Surg 2001 Dec；234(6)769-78；論述778-9采用DNA陣列技術(shù)對慢性胰腺炎中疾病特異性基因的鑒定。
Friess H等人DNA Cell Biol 2001 Nov；20(11)683-95阿耳茨海默氏病的基因表達圖譜Loring JF等人Pharmacogenomics J 2001；1(4)272-87通過藥物基因?qū)W表達譜圖對牛皮癬疾病相關基因的分子分類。
Oestreicher JL等人作為一種在信使RNA水平上確定潛在的所有人類基因表達的手段，基因表達技術(shù)日益獲得廣泛的用途?；蛱禺愋蛄?寡核苷酸、多核苷酸或cDNA)被固定在陣列上，與分別來自人體活組織檢查及其它人體材料的樣品cDNA(逆轉(zhuǎn)錄自信使RNA)混合物所代表的復雜探針雜交，并由不同染色劑進行標記。采用靈敏掃描方法分析雜交過的載玻片。包含基因序列的基因芯片對生物學樣品的表達模式傳達出快速且準確的概觀。因此，基因組范圍的基因表達分析對疾病成因提供了新的洞察力，并且闡明了在特定的檢測范圍中表面上相似疾病之間還未知的生物學基因表達變異，從而在確診中獲得有價值的新分類體系。
重要的應用包括(a)拓展對促成疾病過程的定性和定量基因表達圖譜的更全面理解；(b)發(fā)現(xiàn)具有治療反應的新型診斷性和預后性的指示物及生物標記；(c)鑒定并驗證對藥物開發(fā)而言新的分子目標；(d)有助于更好地理解在引導鑒定和最優(yōu)化期間作用的分子模式；(e)設計更多特異且有效的治療方案；(f)預見開發(fā)和毒理學研究期間的潛在副作用；(g)證實假設檢驗臨床實驗期間作用的分子模式；(h)鑒定賦予藥物敏感性及抗性所涉及的基因；(i)預見最可能受益于該藥物的患者，以及該藥物在普通藥物基因?qū)W研究中的用途。
進一步技術(shù)改進的結(jié)果是，就針對患者導向療法的目的，鑒定并定量個體基因表達模式方面，以及建立預測藥物對個體患者功效的方法，提供大部分疾病，尤其是涉及纖維增生過程的疾病的功能復雜性方面的臨床介入而言，陣列基礎的基因芯片將成為必不可少的部分。考慮到炎癥疾病反映了某些基因和/或基因簇的活性方面定性且定量變化的事實，分子評估將發(fā)揮更高特異性及功效的醫(yī)學治療，并將被認為是治療組合的必要組成部分。
為實現(xiàn)這一目標，改善分期和更好地評估復雜疾病的診斷與治療，均需要新的分子標記及進展標記。結(jié)合治療學的基因表達譜圖技術(shù)為發(fā)現(xiàn)疾病的這種病理生理學相關標記提供了機會。
該公開內(nèi)容的上下文中，將應用到大量術(shù)語。
術(shù)語“多核苷酸”指單鏈，任意含有合成的、非天然或改變的核苷酸堿基的RNA或DNA的聚合物。DNA聚合物形式的多核苷酸可以包含cDNA、基因組DNA或合成DNA的一個或多個片段。
術(shù)語“亞序列”指包含較長序列核酸的一部分的核酸序列。
術(shù)語“被固定在支持物上”指直接或間接地結(jié)合于其上，包括通過共價結(jié)合、氫鍵結(jié)合、離子相互作用、疏水性作用或其它方式的附著。
本發(fā)明的一個方面涉及多核苷酸陣列，借助于該陣列可以對人體材料中所選候選基因的mRNA表達水平進行定性且定量的研究。
多核苷酸或DNA陣列由大量按分類順序被點樣于固體支持物或底物，諸如尼龍膜、載玻片、玻璃珠或硅片上的DNA分子組成。根據(jù)該陣列上每個DNA點的尺寸，可將DNA陣列分為微陣列(每個DNA點的直徑不超過250微米)和大陣列(點直徑超過300微米)。當采用的固體底物尺寸小時，陣列也被稱為DNA芯片。根據(jù)所采用的點樣技術(shù)，玻璃微陣列上布點數(shù)量范圍可為數(shù)百至數(shù)萬。
DNA微陣列具有多種用途，包括基因表達譜圖分析、重新基因測序、基因突變分析、基因定位及基因分型。cDNA微陣列是由獲自cDNA庫的獨特cDNA克隆組成。由于每個點均分別來源自一個獨特mRNA，因此也代表一個表達基因。
監(jiān)測基因表達的方法典型地涉及提供(1)一個包含靶基因RNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的樣品多核苷酸集合，或來源自該RNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的核酸集合；(2)使樣品多核苷酸或來源自RNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的核酸與包括控制探針的探針陣列雜交(例如，獲自多核苷酸庫的多核苷酸)，以及(3)檢測雜交的雙鏈多核苷酸/核酸。用于標記多核苷酸樣品的標記選自放射性的、比色的、酶的、分子擴增的、生物發(fā)光或熒光標記之一。
本發(fā)明也涉及上述任何多核苷酸庫，其中該多核苷酸被固定于固體支持物上，以形成多核苷酸陣列。
支持物優(yōu)選地選自尼龍膜、載玻片、玻璃珠或硅片之一。
本發(fā)明涉及在類似特發(fā)性肺纖維化(IPF)的纖維變性間質(zhì)性肺疾病的分子表征中有用的多核苷酸庫，該多核苷酸庫所包括的多核苷酸序列或其亞序列集合在IPF患病細胞中或表達不足或過度表達。優(yōu)選的一組序列選自具有特定序列的寡核苷酸或多核苷酸探針，該特定序列由選自下面指出的候選基因的基因所限定、與其相關、或由其衍生的一組序列，該組基因與不同肺功能失調(diào)患者來源的細胞相比，在IPF細胞中表現(xiàn)為基因表達水平提高PTH-反應性骨肉瘤B1蛋白，AF095771.1染色質(zhì)的基質(zhì)相關，肌動蛋白依賴性調(diào)節(jié)因子，亞家族f，成員1，AF231056.1肺及食道癌1中缺失的(DLEC1)，NM_007337.1主要組織相容性復合體，II類，DQ β1，AW276186SB II類組織相容性抗原α鏈，AI128225粘蛋白4，氣管支氣管，AJ242547.1叉頭盒(forkhead box)J1(FOXJ1)，U69537.1假定蛋白FLJ21616，NM_024567.1神經(jīng)元特異性轉(zhuǎn)錄因子DAT1，AF258348.1造血PBX相互作用蛋白，BF344265脯氨酸氧化酶同源物，AA074145粘蛋白5，亞型B，氣管支氣管，AI697108高爾基膜蛋白GP73，AF236056.1ATP檸檬酸裂解酶，U18197.1NG22蛋白，NM_025257.1cDNA DKFZp434A2322，AL137706.1肝細胞核因子3，α，U39840.1主要組織相容性復合體，II類，DQα1，X00452.1肌球蛋白調(diào)節(jié)輕鏈2，平滑肌同工型，J02854.1plexin B1，AV693216丙酮酸激酶，肌肉，BC000481.1四次跨膜蛋白TM4-C，AF133425.1胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(36kD)，BC004312.1FLJ13945 fis，克隆Y79AA1000969，AU160041假定蛋白DKFZp586M1120，NM_031294.1CD24信號轉(zhuǎn)導物，L33930假定蛋白FLJ23571，NM_025111.1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶M2(肌肉)，M63509.1鈣粘素1，1型，E-鈣粘素(上皮)，L08599.1NTT5蛋白，AF265578.1
脂質(zhì)運載蛋白2(致癌基因24p3)，NM_005564.1強直性肌營養(yǎng)不良激酶(DM激酶)，L08835解偶聯(lián)蛋白2(線粒體，質(zhì)子載體)，U76367.1動力蛋白中間鏈2，NM_023036.1discoidin受體酪氨酸激酶同工型b，discoidin域受體家族，成員1，NM_001954.2精子相關抗原6，AF079363.1假定蛋白FLJ23049，NM_024687.1鼻咽上皮特異性蛋白1，AF094758.1核受體亞家族4，A群，成員2，NM_006186.1假定蛋白FLJ22215，BC003543.1非特異性交叉反應抗原，M18728.1淀粉酶，α1A；唾液的(AMY1A)，NM_004038.1癌胚抗原相關細胞粘附分子6(非特異性交叉反應抗原)，BC005008.1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶亞單位4(EC2.5.1.18)，X08020.1含SH3蛋白SH3GLB2，AF257319.1KDEL(Lys-Asp-Glu-Leu)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白保留受體1，NM_006801.1anterior gradient 2(非洲爪蟾)同源物，AF038451.1sv7-MUC4 apomucin，粘蛋白4，氣管支氣管，AJ242547.1stratifin，BC000329.1結(jié)締組織生長因子，M92934.1細胞色素P450-IIB(hIIB3)，M29873.1細絲蛋白A，α(肌動蛋白結(jié)合蛋白-280)，AW051856膜糖蛋白LIG-1，AB050468.1E74樣因子3(ets域轉(zhuǎn)錄因子，上皮特異性)，U73844.1彈性蛋白(心瓣膜上主動脈狹窄，Williams-Beuren綜合征)，M36860.1ephrin受體EPHA3，AF213459.1原纖蛋白1(Marfan綜合征)，L13923.1discs，大(果蠅)同源物1，U13896.1類賴氨?；趸傅鞍?(LOXL1)，L21186.1
calumenin，U67280.1雄性生殖細胞相關激酶，NM_005906.2網(wǎng)蛋白1，中間絲結(jié)合蛋白，500kD，Z54367過氧化物酶體生物合成因子1，AF026086.1肥大細胞類胰蛋白酶βIII，AF099143共濟失調(diào)-毛細管擴張D群-相關蛋白，AF230388.1假定蛋白FLJ10921，NM_018272.1二聚糖蛋白，BC002416.1BLu蛋白，AC002481CGI-92蛋白，AF151850.1連接蛋白-相關蛋白復合體1，mu2亞單位，BC003387.1角蛋白15，BC002641.1B7蛋白，U72508.1S100鈣結(jié)合蛋白A2，BC002829.1MUF1蛋白，BC004953.1膽甾醇25-羥化酶，AF059214.1胞苷單磷酸-N-乙酰神經(jīng)氨酸羥化酶(CMP-N-乙酰神經(jīng)氨酸單加氧酶)，AF074480.1神經(jīng)纖毛蛋白2，AF022859.1Fas-相互作用絲氨酸蘇氨酸激酶3，同源結(jié)構(gòu)域-相互作用蛋白激酶3，AF305239.1解離素及金屬蛋白酶28區(qū)(ADAM28)，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物變體2，AF137334.1cDNA DKFZp434A119，AW663632補體成分6，J05064.1細胞角蛋白17，Z19574無翼型MMTV整合位點家族，成員5A，AI968085基質(zhì)金屬蛋白酶7(基質(zhì)溶素，子宮)，BC003635.1leiomodin 1(平滑肌)，NM_012134.1Cip1-相互作用鋅指結(jié)構(gòu)蛋白，AB030835.1細胞周期蛋白依賴性激酶抑制因子1A(p21，Cip1)，BC000275.1整合素，α7，AF032108.1DKFZp586G011蛋白，BG289527
脂肪酸結(jié)合蛋白6，回腸(gastrotropin)，U19869.1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶M4，M96234.1與糖尿病有關的Ras相關基因，L24564.1claudin 3，AB000714.1基質(zhì)金屬蛋白酶10(基質(zhì)溶解素2)，BC002591.1fibulin 2，NM_001998.1絲氨酸蘇氨酸激酶11(STK11)，AF035625真核翻譯起始因子1AAF000987.1DEADH(Asp-Glu-Ala-AspHis)盒多肽AF000985.1核糖體蛋白S4AF116711.1泛素特異性蛋白酶9AF000986.2SMC(小鼠)同源物U52191.1髓鞘堿性蛋白L18865.1S100鈣結(jié)合蛋白NM_005980.1Jagged2(JAG2)AF003521.1潛伏轉(zhuǎn)化生長因子β結(jié)合蛋白4NM_003573.1微管結(jié)合蛋白，RPEB家族，成員3AB025186.1未知(MGC2854的蛋白)BC003629.1克隆＝IMAGE-2406340AI830563水孔3蛋白(水通道)的AQP3基因AB001325cDNA DKFZp434A119有孔內(nèi)皮連接的結(jié)構(gòu)蛋白(FELS)，PV1蛋白(PLVAP)AF326591.1LUNX蛋白；PLUNC(腭、肺及鼻上皮細胞克隆)；氣管上皮富集蛋白(LOC51297)AB024937.1RAB，RAS致癌基因家族成員類似物2AAF095350.1染色體11開放讀碼框架16NM_020643.1假定蛋白FLJ23049NM_024687.1假定蛋白FLJ11767NM_024593.1動力蛋白，基因絲，中間多肽AF091619.1腦特異性蛋白(LOC51673)AF132972.1MUC4 apomucin，粘蛋白4，氣管支氣管AJ242547.1肌強直素蛋白激酶(DM)M87313.1
細胞角蛋白4X07695.1KIAA0362基因，MCF.2細胞系來源轉(zhuǎn)化序列的類似序列AB002360.1細胞角蛋白17Z19574LIM區(qū)蛋白BC003096.1E74樣因子3(ets域轉(zhuǎn)錄因子，上皮特異性)U73844.1脂肪酸結(jié)合蛋白6，回腸(gastrotropin)U19869.1精子相關抗原6AF079363.1無眼(果蠅)同源物2U71207.1磷脂酸磷酸酶2C型BC002806.1環(huán)氧化物水解酶2，細胞質(zhì)AF233334.1微管蛋白，β，2BC002783.1熱休克蛋白105kDD86956.1絨毛蛋白2(ezrin)J05021.1解離素及金屬蛋白酶28區(qū)(ADAM28)，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物變體3AF137335.1肺及食道癌1中缺失的基因NM_007337.1花生四烯酸15-脂氧合酶NM_001140.1UDP轉(zhuǎn)糖酶家族1，多肽A1M57899.1假定蛋白PRO2834AF119903.1外源凝集素，結(jié)合半乳糖苷，可溶，7(半乳糖凝集素7)L07769.1B7蛋白U72508.1ephrin受體EPHA3AF213459.1叉頭盒J1U69537.1BLu蛋白U70824.1醛脫氫酶家族3，成員A1BC004370.1NG22蛋白NM_025257.1可誘導的小細胞因子亞家族A(Cys-Cys)，成員14NM_004166.1富半胱氨酸蛋白1(腸內(nèi))BC002738.1類似RAYRAB1C的假定GTP-結(jié)合蛋白BC000566.1整合素，β4NM_000213.1絲氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制因子，進化枝B(卵白蛋白)，成員5(SERPINB5)U04313.1
與糖尿病有關的Ras相關基因L24564.1肝白血病因子M95585.1角蛋白15BC002641.1核受體亞家族4，A群，成員2NM_006186.1唾液酸轉(zhuǎn)移酶U14550.1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶M2(肌肉)M63509.1假定蛋白FLJ13110NM_022912.1S100鈣結(jié)合蛋白A2NM_005978.2膠原蛋白，VII型，α1(大皰性表皮松解，營養(yǎng)不良，顯性和隱性)L02870.1claudin 3AB000714.1胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白6BC003507.1成纖維細胞生長因子受體2(細菌表達的激酶，角化細胞生長因子受體，顱面骨發(fā)育不全，Crouzon綜合征，Pfeiffer綜合征，Jackson-Weiss綜合征)M80634.1胰島素樣生長因子1受體NM_000875.2胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(36kD)M35410.1共濟失調(diào)毛細管擴張D群相關蛋白AF230388.1角蛋白5(大皰性表皮松解，Dowling MearaKobnerWeber-Cockayne型)M21389.1Duffy血型U01839.1轉(zhuǎn)化生長因子β1NM_000660其中在結(jié)構(gòu)信息的基礎上，每個寡核苷酸或多核苷酸探針均是可獲得的，該結(jié)構(gòu)信息是借助于針對每個候選基因所列出的相應編號提供的序列資料生成的。
還有另外一組序列選自具有某一特定序列的寡核苷酸或多核苷酸，該序列受限于，或相關于，或來源自由下列指出的候選基因所組成的基因組，該基因組在與不同肺功能失調(diào)患者相比的IPF細胞中表現(xiàn)為基因表達水平提高分類連接素10(SNX10)，AF121860.1磷脂酶A1，IIA群(血小板，滑液)，M22430.1血紅蛋白α-1珠蛋白鏈(HBA1)，AF349571.1
巨噬細胞清道夫受體1，AI299239表面活性，肺相關蛋白C，BC005913.1解離素蛋白酶(M12.219)，NM_014479.1視黃醇結(jié)合蛋白4，間質(zhì)，AF119868.1主要組織相容性復合體，II類，DR β3，M27635.1脂細胞脂肪分化相關蛋白，BC005127.1血紅蛋白，δ，NM_000519.2β-2-微球蛋白，AW188940血紅蛋白，α2，BC005931.1蛋白C受體，內(nèi)皮(EPCR)，L35545.1胸腺素，β10，M92381.1載脂蛋白C-I，W79394假定蛋白，AL133067.1蛋白聚糖4，(巨核細胞刺激因子，關節(jié)淺表區(qū)蛋白)，U70136.1tetranectin(纖維蛋白溶酶原結(jié)合蛋白)，NM_003278.1血小板因子4，M25897.1組織因子途徑抑制因子2，BC005330.1脂肪酸結(jié)合蛋白4，脂細胞，BC003672.1組織蛋白酶B(CTSB)，M14221.1跨膜4超家族成員1，M90657.1MHC I類HLA-B51主要組織相容性復合體，I、E類，M31183.1內(nèi)皮PAS區(qū)蛋白1，U51626.1Apo-2配體腫瘤壞死因子(配體)超家族，成員10，U37518.1結(jié)合珠蛋白相關蛋白，NM_020995.1Rho鳥嘌呤交換因子(GEF)12，AF119898.1主要組織相容性復合體，II類，DR β5，M11867.1干擾素，γ可誘導蛋白30，AF097362.1鐵蛋白，輕多肽，BG537190prosaposin(變異Gaucher病及變異異染性腦白質(zhì)營養(yǎng)不良)，BC004275.1鈣結(jié)合蛋白A4(calvasculin，metastasin)，NM_002961.2血紅蛋白，β，M25079.1
CDW52抗原(CAMPATH-1抗原)，BC000644.1醛脫氫酶家族1，成員A2，AB015226.1組織蛋白酶Z，AF032906.1MHC HLA-B39主要組織相容性復合體，I、B類，L37880.1主要組織相容性復合體，II類，DQ α1，M33906.1成纖維細胞生長因子9(神經(jīng)膠質(zhì)活化因子)，D14838.1血紅蛋白，α2，AF097635.1轉(zhuǎn)鐵蛋白受體(p90，CD71)，BC001188.1補體成分3(C3)，K02765.1cDNA DKFZp564D066，AL050025.1補體成分1，q亞組分，β多肽，NM_000491.2可誘導的小細胞因子家族A(Cys-Cys)，成員18，肺部且活化調(diào)節(jié)的，AB000221.1reticulon 1，L10333.1主要組織相容性復合體，II類，DR β1，M33600.1結(jié)合珠蛋白，L29394.1酸性磷酸酶5，酒石酸鹽抗性，J04430.1細胞色素P450，XXVIIA亞家族(類固醇27-羥化酶，腦腱性黃瘤病)，多肽1，M62401.1CD36抗原(膠原蛋白I型受體，血小板敏感蛋白受體)，M24795.1鈣結(jié)合蛋白2，(29kD，calretinin)，NM_001740.2α-2-HS-糖蛋白，BG538564cDNA DKFZp564A132，AL049963.1纖維結(jié)合素1，AF130095.1磷酸二酯酶4C，cAMP特異性，NM_000923.1轉(zhuǎn)錄因子7(T細胞特異性，HMG-box)，NM_003202.1發(fā)現(xiàn)于炎癥區(qū)的基因3(FIZZ3)，AF323081.1claudin15，NM_014343.1羧肽酶B1(組織)，M81057.1假定蛋白FLJ14054，NM_024563.1骨髓間質(zhì)細胞抗原1，D21878.1白細胞間介素7受體，M29696.1
原骨膠原C-肽鏈內(nèi)切酶增強子2，AF098269.1鈣結(jié)合蛋白A8(鈣粒蛋白A)，AW238654cDNA DKFZp564D193，AL049252.1主要組織相容性復合體，II類，DP β1，J03041.1人白細胞抗原Cα鏈，主要組織相容性復合體，I、C類，AK024836.1BCM樣膜蛋白前體，AF144235.1CD14抗原，M86511.1肺表面活性蛋白(SP5)，J03553信號轉(zhuǎn)導物和轉(zhuǎn)錄活化因子1，91kD，BC002704.1Wilms腫瘤1(WT1)，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物變體D，NM_024424.1annexin A8，BC004376.1具有膠原結(jié)構(gòu)的巨噬細胞受體，MARCO，AF035819.1表面活性，肺相關蛋白A2，NM_006926.1溶質(zhì)載體家族6(神經(jīng)傳遞素轉(zhuǎn)運體，血清素)，成員4，L05568.1幾丁質(zhì)酶1(chitotriosidase)，U29615.1肺I型細胞膜相關糖蛋白，AU154455纖維結(jié)合素富亮氨酸跨膜蛋白2，AB007865.1γ氨基丁酸(GABA)A受體，α5，BF966183假定蛋白FLJ12983，NM_024856.1唾液酸蛋白(gqL115，白細胞唾液酸蛋白，CD43)，J04536.1小腦變性相關蛋白(34kD)，M16965.1羥酸氧化酶2(長鏈)，羥基-δ-5-類固醇脫氫酶(3β-及類固醇δ-異構(gòu)酶2)，AL359553克?。絀MAGE1032795＝Hs.83623核受體亞家族1，I群，成員3可誘導的小細胞因子亞家族C，成員2NM_003175.1與豬的?；窠?jīng)氨(糖)酸裂解酶類似的假定蛋白NM_030769.1纖維蛋白原，γ多肽AF118092.1血小板敏感蛋白1NM_003246.1SAM區(qū)，SH3區(qū)及核定位信號，1AF222927.1類幾丁質(zhì)酶3蛋白1(軟骨糖蛋白-39)M80927.1組織蛋白酶ZAF032906.1克隆＝IMAGE3579023膠原蛋白，XIV型，α1(粗纖維調(diào)節(jié)素)
氯化物細胞內(nèi)通道2NM_001289.2γ干擾素誘導的單核因子NM_002416.1KIAA0433蛋白NM_015216.1腫瘤壞死因子，α誘導蛋白6NM_007115.1信號傳導子與轉(zhuǎn)錄活化因子1，91kDBC002704.1血小板敏感蛋白2L12350.1膠原蛋白，IV型，α3(Goodpasture抗原)NM_000091.1整合素，β樣1(具有類EGF重復區(qū))AF072752.1diubiquitinNM_006398.1蛋白酶，半胱氨酸，1(legumain)D55696.1細胞色素P450，亞家族I(二惡英可誘導)，多肽1(青光眼3，原發(fā)性早期)U03688.1整合素，α1X68742.1GABA-B受體，G蛋白偶聯(lián)受體51AF056085.1KIAA1199蛋白AB033025.1膠原蛋白，V型，α2NM_000393.1白細胞間介素13受體，α2U70981.1線粒體內(nèi)膜轉(zhuǎn)位酶8(酵母)同源物ABC005236.1類固醇硫酸酯酶(微粒體)，芳基硫酸酯酶C，同功酶SM16505.1克?。絀MAGE1982571ATP酶，轉(zhuǎn)運H+，溶酶體(空泡型質(zhì)子泵)9kD蛋白聚糖4，(巨核細胞刺激因子，關節(jié)淺表區(qū)蛋白)U70136.1副層粘蛋白nidogen(enactin)M30269.1KIAA1598蛋白AU157109血管細胞粘附分子1M60335.1鳥苷酸結(jié)合蛋白1，干擾素可誘導，67kDBC002666.1cDNA DKFZp586E1124載脂蛋白H(β-2-糖蛋白I)M62839.1核糖體蛋白L37aBE857772cDNA DKFZp564A132組織蛋白酶SM86553.1解離素及金屬蛋白酶9區(qū)(meltrinγ)(ADAM9)U41766.1
鋅指結(jié)構(gòu)蛋白331AF272148.1溶酶體相關膜蛋白2J04183.1羧肽酶MNM_001874.1膠原蛋白，I型，α2NM_000089.1P311蛋白U36189.1KIAA0372基因產(chǎn)物AB002370.1人T細胞特異性蛋白RANTESM21121干擾素γ可誘導吲哚胺2，3-加雙氧酶(IDO)M34455.1假定蛋白FLJ10430NM_018092.1轉(zhuǎn)錄因子ISGF-3M97935類白細胞間介素1受體蛋白1(IL1RL1)NM_003856.1假定α趨化因子(H174)，可誘導的小細胞因子亞家族B(Cys-X-Cys)，成員11AF002985.1可誘導的小細胞因子亞家族B(Cys-X-Cys)，成員10NM_001565.1中胚層特異性轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(小鼠)同源物BC002413.1羧肽酶B樣蛋白AB011969.1CD2抗原(p50)，綿羊紅血球細胞受體M16445干擾素，α可誘導蛋白(克隆IFI-6-16)NM_022872.1RAS脒基釋放蛋白1(鈣和DAG調(diào)節(jié)的)AF081195.1脂肪酶，內(nèi)皮AF118767.1脂肪酸輔酶A連接酶，長鏈4NM_022977.1klothoAB005142.1硫酸軟骨素蛋白聚糖2(versican)NM_004385.1假定蛋白，表達于成骨細胞中AB000115.1CD14抗原M86511.1CGI-83蛋白BC000878.1亮氨酸氨肽酶AF061738.1UDP-Galβ G1cNAc β1，3-半乳糖轉(zhuǎn)移酶，多肽3AB050855.1protocadherin α12AF152308.1神經(jīng)多糖CAF059274neuroliginAI338338
HSPC156蛋白AF161505.1假定蛋白FLJ13310NM_025118.1嗜酸性粒細胞趨化因子(TSA1902)AB025008.1氨肽酶AF191545.1semaphorin sem2AB029496.1protocadherin 12AF231025.1X轉(zhuǎn)運蛋白3NM_020208.1跨膜4超家族成員(四次跨膜NET-2)AF124522.1假定蛋白FLJ10970NM_018286.1穿孔蛋白1(成孔蛋白)M28393.1自然殺傷細胞族群7序列NM_005601.1假定蛋白DKFZp761N09121BF435376整合素，α4(抗原CD49D，VLA-4受體的α4亞單位)BG532690類幾丁質(zhì)酶3蛋白2U58515.1FYN致癌基因N20923松弛素1(H1)BC005956.1羥基前列腺素脫氫酶15-(NAD)U63296.1磺基轉(zhuǎn)移酶家族，細胞溶質(zhì)，1C，成員1AF186254.1TGF-b超家族受體I型L17075.1顆粒酶B(顆粒酶2，細胞毒性T淋巴細胞相關絲氨酸酯酶1)M36118.1半胱氨酸蛋白酶抑制素F(白細胞半胱氨酸蛋白酶抑制素)AF031824.1G蛋白發(fā)信號調(diào)節(jié)因子Z(RGSZ1)AF060877.1克隆MGC12387M16942.1鋅-α2-糖蛋白D90427.1BCG誘導的內(nèi)在膜蛋白BIGMo-103AB040120.1nectin樣蛋白2(NECL2)AF132811.1CD209抗原類似物AB015629.1溶質(zhì)載體家族6(神經(jīng)傳遞素轉(zhuǎn)運體，血清素)，成員4L05568.1MAD(mothers against decapentaplegic，果蠅)同源物6U59914.1
latrophilinAF104939.1血小板因子4M25897.1降鈣素受體類似物L76380.1matrilin 3NM_002381.2溶質(zhì)載體家族14(尿素轉(zhuǎn)運體)，成員1(Kidd血型)U35735.1白細胞間介素7受體M29696.1MAP激酶激酶6(MKK6)，有絲分裂原活化的蛋白激酶激酶6U39656.1protocadherin 17AF029343.1顆粒溶解酶NM_006433.2干擾素刺激的蛋白，15kDa(ISG15)M13755.1鈣粘素5，2型，VE-鈣粘素(血管上皮)U84722.1血栓調(diào)節(jié)蛋白M16552.1干擾素，α可誘導蛋白27NM_005532.1干擾素-γX87308其中在結(jié)構(gòu)信息的基礎上，每個寡核苷酸或多核苷酸探針均是可獲得的，該結(jié)構(gòu)信息是借助于針對每個候選基因所列出的相應編號提供的序列資料生成的。
例如，利用基因名稱后列編號可以從NCBI GenBank(http//www.ncbi.nlm.gov/GenBank/index.html)下載獲得可用于設計寡核苷酸的合適序列。
所有編號均可獲得mRNA序列；由于患者的cDNA被逆轉(zhuǎn)錄，該寡核苷酸便具有正義鏈，并因而與mRNA序列一致。
優(yōu)選的多核苷酸序列或亞序列集合與定性且定量鑒別正常細胞，或非纖維化肺疾病患者來源細胞、間質(zhì)性肺疾病患者來源細胞，最為優(yōu)選的是特發(fā)性肺纖維化(IPF)患者來源細胞所用的多核苷酸序列基本對應。
本發(fā)明涉及檢測與IPF相關的差異表達多核苷酸序列所用的藥物組合物部分，該部分包括a)從患者獲得多核苷酸樣品；及b)使步驟a)所獲樣品多核苷酸與固體支持物上固定的探針反應，其中該探針包含上述多核苷酸序列庫中任意一個多核苷酸序列，或包含由該多核苷酸庫中任意一個多核苷酸序列所編碼的表達產(chǎn)物，及c)作為之后給藥合適藥物的前提條件，檢測步驟b)的反應產(chǎn)物。
本發(fā)明也涉及檢測本發(fā)明差異表達多核苷酸序列所用的藥物組合物部分，其中步驟c)中反應產(chǎn)物的量是與對照樣品相比較。
差異表達多核苷酸序列的檢測被用于檢測、診斷、分期、監(jiān)測、預測、預防或治療與ILD相關聯(lián)的病癥，即特發(fā)性肺纖維化IPF、過敏性肺炎、硬皮癥、系統(tǒng)性紅斑狼瘡、類風濕性關節(jié)炎、丘-施綜合征、Wegener肉芽腫病及Goodpasture綜合征。
當檢測所基于的受體-配體反應涉及由檢測對象，任一多核苷酸序列或亞序列編碼的產(chǎn)物時，該差異表達多核苷酸序列的檢測尤其有用。
本發(fā)明也涉及檢測上述的差異表達多核苷酸序列，其中樣品已經(jīng)由待篩選抗ILD藥物處理過。
本發(fā)明也涉及包含ILD患者來源細胞中過度表達或表達不足的多核苷酸序列群體的多核苷酸庫。本發(fā)明的一個特定實施方案涉及與至少一個特定多核苷酸序列的任意組合基本上對應的多核苷酸庫，該特定多核苷酸序列選自上述所列預先確定的多核苷酸序列組中的每一個所包括的核苷酸序列。
本發(fā)明涉及包含至少一個特定多核苷酸的多核苷酸庫，該特定多核苷酸選自至少50％，優(yōu)選75％，更為優(yōu)選100％預先確定的多核苷酸組所包括的那些多核苷酸，借助于該多核苷酸庫，可以獲得一個鑒別基因模式，即用于區(qū)分正常個體與ILD，尤其是IPF患者。
有助于實現(xiàn)本發(fā)明的多核苷酸序列庫也可以包含上述確定的每個多核苷酸序列組3’末端與5’末端之間所包含的任何序列，從而完善檢測所牽涉的基因。
本發(fā)明也涉及有利于區(qū)分正常細胞與ILD患者來源細胞的多核苷酸庫，其中該多核苷酸序列或亞序列集合基本上對應于至少一個特定多核苷酸序列的組合，其中該特定多核苷酸序列選自上述所列預先確定的多核苷酸序列組中的每一個所包括的那些多核苷酸序列，有助于區(qū)分正常細胞與ILD患者來源細胞。
當患者材料來源信號至少低于或高于比較材料，即健康志愿者材料或其它患病材料來源信號的2倍時，基因表達上的差異被認為是不同的。這一閾值通常被接受用于評估表達陣列。
本發(fā)明另外提供了一種鑒定基因表達或感染劑的基因組DNA的方法，感染劑包括細菌(分支桿菌種、支原體種、金黃色葡萄球菌、鏈球菌種、包柔氏螺旋體菌、梅毒螺旋體、問號鉤端螺旋體、胚胎空腸彎曲桿菌；大腸桿菌、EPEC、ETEC、EIEC、EHEC腸沙門氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌、氣單胞菌種、胚胎彎曲桿菌、粘膜炎莫拉氏菌、布魯氏菌種、弓形體、志賀桿菌種、霍亂弧菌、銅綠假單胞菌、洋蔥伯克霍爾德菌、嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌、鮑氏不動桿菌、醋酸鈣不動桿菌、克雷白桿菌屬、腸桿菌屬、檸檬酸細菌屬、變形菌、沙雷氏菌屬、摩根菌屬、普羅威登斯菌屬、人心桿菌、腐蝕?？暇?、陰道加德諾菌、肉芽腫鞘桿菌、類桿菌屬、卟啉單胞菌屬、普雷沃菌屬、梭菌屬、普氏立克次體、桿菌狀巴爾通體、漢氏巴爾通體及衣原體種)、酵母、真菌或病毒(逆轉(zhuǎn)錄病毒、腺病毒、肝DNA病毒、皰疹病毒、流感病毒、副粘液病毒)，以及ILD患者來源細胞中的細胞寄生物。
發(fā)明概述我們驚訝地發(fā)現(xiàn)，干擾素γ的藥物組合物結(jié)合對肺疾病患者基因表達的分析，可以更快速且更成功地治療肺疾病，優(yōu)選的是ILD及其相關肺疾病。因此，本發(fā)明涉及包含干擾素γ或甲苯吡啶酮，以及疾病導向基因表達分析的新型藥物組合物和藥物試劑盒。
總而言之，本發(fā)明更具體地涉及下列主題·一種藥物組合物，包含(i)干擾素γ(IFN-γ)，聚乙二醇化(PEG)的IFN-γ，或甲苯吡啶酮，任選與藥物可接受載體，稀釋劑或賦形劑共同存在，(ii)間質(zhì)性肺疾病患者的基因表達分析(基因芯片)；·一種相應的藥物組合物，另外包含一種糖皮質(zhì)激素化合物；·一種相應的藥物組合物，其中該藥療法選自下列·一種藥物試劑盒，包含(i)含有IFN-γ、PEG-IFN-γ或甲苯吡啶酮的包裝，(ii)含有肺疾病患者基因表達分析(基因芯片)的包裝；·一種相應的藥物試劑盒，進一步包括含有一種糖皮質(zhì)激素化合物的包裝；·根據(jù)藥物生產(chǎn)商詳細說明的藥物組合物的組合或藥物試劑盒治療間質(zhì)性肺疾病(ILD)的方法或用途；·一種相應的方法或用途，其中將單劑的量為2.0-3.0μg/kg體重的IFN-γ給予個體；·一種相應的方法或用途，其中將單劑的量為100-150μg/kg體重的糖皮質(zhì)激素化合物給予個體；·一種相應的方法或用途，其中在基因表達分析之后通過吸入方式將IFN-γ給予個體。
發(fā)明詳述在根據(jù)本發(fā)明的組合范圍內(nèi)具有治療效果的合適化合物，除了干擾素γ、聚乙二醇化的干擾素γ、甲苯吡啶酮之外，還包括與帶病患者基因表達分析結(jié)合，具有與干擾素γ、聚乙二醇化的干擾素γ，或甲苯吡啶酮相同，甚至增強的生物學活性的化合物。
本發(fā)明也包括所公開藥物的，如上文更具體描述的，具有與干擾素γ或甲苯吡啶酮相同生物學活性的衍生物、類似物、同系物、融合蛋白、穩(wěn)定形式等。
術(shù)語“相同生物學活性”在此處指基本上相同的生物學、生理學或治療活性或功能性，不過，也可以是與該藥物的相應特性比較后在數(shù)量上有提高或降低。
術(shù)語“穩(wěn)定形式”指為了獲得在血液及血清中更穩(wěn)定且延長的半衰期，而對母體藥物進行改造所獲得的衍生物或類似物。通過附著化學部分可以保護多肽及蛋白質(zhì)不被水解。這種附著可有效地阻抑蛋白水解酶與蛋白質(zhì)主鏈本身的物理接觸，并從而阻止降解。聚乙二醇便是這樣一種已顯示可以保護蛋白質(zhì)不被水解的化學部分(Sada，et al.，J.Fermentation Bioengineering71137-139，1991)。除了可避免蛋白水解裂解之外，還發(fā)現(xiàn)生物學活性蛋白的化學修飾在某些情況下賦予蛋白質(zhì)其它的優(yōu)勢，諸如提高治療蛋白的穩(wěn)定性，延長其循環(huán)時間，并降低其免疫原性。(US.4,179,337；Abuchowski等人，Enzymes as Drugs.；J.S.Holcerberg和J.Roberts，eds.367-383頁，1981；Francis，F(xiàn)ocus on Growth Factors 34-10；EP 0 401384)。與非聚乙二醇化的化合物相比，聚乙二醇的添加提高了本發(fā)明的肽及多肽在生理pH的穩(wěn)定性。對鹽而言，聚乙二醇化的多肽/蛋白質(zhì)也是穩(wěn)定的。
術(shù)語“融合蛋白”指與其它肽或蛋白質(zhì)融合的根據(jù)本發(fā)明的多肽，優(yōu)選的干擾素γ所組成的化合物，尤其是穩(wěn)定形式的化合物。
術(shù)語“藥物試劑盒”指包括含有一種或多種，優(yōu)選的一種藥物活性化合物或藥劑，以及一種基因表達分析裝置的兩個或多個小包裝或容器的包裝，其中該小包裝或容器內(nèi)的藥劑或化合物是于基因表達分析完成之后被給予個體。
根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物可被用作治療個體的藥物，該組合物包含上下文所定義的干擾素γ或甲苯吡啶酮，以及基因表達分析。
術(shù)語“個體”優(yōu)選地指哺乳動物，尤其是人類。
根據(jù)本發(fā)明的化合物，IFN-γ或甲苯吡啶酮被用在藥物配方中，該配方通常還包含藥物可接受載體、賦形劑或稀釋劑。配制并給藥本發(fā)明化合物的技術(shù)可參考“Remington’s Pharmaceutical Sciences”Mack Publishing Co.，Easton PA。
此處所用術(shù)語“藥物可接受載體”指一種惰性、無毒性固體或液體填充劑、稀釋劑或密封材料，該材料不與活性化合物或個體，或其它任何配方，諸如片劑、丸劑、糖衣丸、膠囊、凝膠、糖漿、懸浮物、懸液等發(fā)生不利反應。本領域已知的合適優(yōu)選液體載體為，諸如無菌水、鹽水、葡萄糖水溶液、糖溶液、乙醇、乙二醇，以及包括石油、動物、植物或合成來源的那些油在內(nèi)的油類，如花生油，大豆油及礦物油。適合口服給藥的片劑和膠囊含有常規(guī)賦形劑，如結(jié)合劑、填充劑、稀釋劑、壓片劑、潤滑劑、崩解劑及潤濕劑。片劑可根據(jù)本領域熟知的方法進行包被。
根據(jù)本發(fā)明的配方可以單位劑量形式給藥，該單位劑量含有典型地適合非腸道給藥的常規(guī)無毒性藥物可接受載體、稀釋劑、佐劑及賦形劑。
術(shù)語“非腸道”在此處包括皮下、靜脈內(nèi)、關節(jié)內(nèi)及氣管內(nèi)注射和輸注技術(shù)。非腸道組合物及組合最為優(yōu)選地是以藥丸形式，或根據(jù)已知操作方法恒量輸注地靜脈給藥。本發(fā)明的目標也包括其它給藥方式，諸如口服給藥或通過吸入或鼻部噴霧的方式給藥。吸入含有本發(fā)明所描述干擾素γ的蒸汽也是給藥的優(yōu)選途徑。為吸入根據(jù)本發(fā)明的化合物，優(yōu)選地將其制成氣霧劑形式。氣霧劑及其制備技術(shù)是本領域所熟知的。如果必須治療直接的肺部癥狀，則含有本發(fā)明多肽，例如，干擾素γ，且借助于吸入器可利用的氣霧劑是優(yōu)選的。
根據(jù)本發(fā)明的單位劑量可以含有每日所需量的根據(jù)本發(fā)明的化合物，或其共計后可達預期劑量的倍減量。用于指定個體(哺乳動物，包括人類)的最適治療可接受劑量及劑量率取決于多個因素，諸如所應用特定活性材料的活性、治療對象的年齡、體重、整體健康狀況、性別、飲食、給藥時間及方式，清除率、酶活性、治療目的，即治療或預防，以及待治療疾病的特性。因此，在用于治療個體的根據(jù)本發(fā)明的藥物組合物中，相應化合物的藥物有效每日劑量分別為干擾素γ(IFN-γ)在根據(jù)本發(fā)明的聯(lián)合療法中，劑量為1.0-5.0μg/kg體重，優(yōu)選地2.0-3.0μg/kg體重，每周1-5次給藥的干擾素γ顯示為有效。上述單劑干擾素γ是通過非腸道，優(yōu)選的皮下方式給藥患者。
可任意結(jié)合IFN-γ給藥患者的糖(腎上腺)皮質(zhì)激素的劑量根據(jù)本發(fā)明的變化范圍是10-100mg/單劑，更為優(yōu)選的是15-80mg，即對應大約100-350μg/kg體重，優(yōu)選的100-150μg/kg體重。
附圖簡述

圖1圖1描述了在組織學上已證實患有UIP(開胸肺活檢)，且采用干擾素γ進行免疫抑制治療(f，59yr)失敗的患者的肺總?cè)萘?TLC)，動脈血氧分壓(PaO2)，及用力肺活量(FVC)。
實例在取得嚴重間質(zhì)性肺疾病(ILD)患者非正式應允后，采用支氣管鏡檢的外科方法，從其肌體內(nèi)取出活組織進行檢查。保存所獲得的組織探針，并進行加工，以在RNAlaterTM(專利申請中)，一種水性、無毒性組織保存試劑中分離出總RNA，該保存試劑可使完整、未冷凍組織樣品中的細胞RNA穩(wěn)定并其保護作用。
室溫下，將解離的組織(任一尺寸不超過0.5cm)浸沒于大約5倍體積的RNAlater(如0.5g樣品需大約2.5ml RNAlater)中。該溶液滲透細胞后，使RNA穩(wěn)定。繼而，采用一步RNA分離法，如TRIzol試劑(Life Technologies)，并參照提供者的說明書分離RNA，最后于H2O中洗脫。
標記cRNA的制備及其與微陣列的雜交采用cDNA合成試劑盒(Superscript；Life Technologies)，并利用寡(dT)引發(fā)，從分離的患者RNA樣品中合成雙鏈cDNA。在生物素-11-CTP和生物素-16-UTP(Enzo Diagnostics)的存在條件下，將所獲cDNA用于體外轉(zhuǎn)錄(Ambion T7 Megascript系統(tǒng))。于緩沖液[40mM Tris乙酸(pH8.1)/100mM乙酸鉀/30mM乙酸鎂]中，94□下持續(xù)35分鐘，使總計25-50μg的cRNA產(chǎn)物斷裂。繼而將斷裂的cDNA作為對應每個患者來源的雜交探針，參照推薦方法(Affymetrix，Santa Clara，CA)進行雜交。
將等份的雜交患者cDNA混合物(200μl雜交混合物中含有10μgcDNA)與人類基因組U133A陣列雜交。根據(jù)生產(chǎn)商(Affymetrix)開發(fā)的操作方法對每個陣列進行洗滌和掃描(Hewlett Packard，GeneArray掃描儀G2500A)。
基因芯片資料的分析。目檢掃描輸出文件以審視雜交的人工產(chǎn)物，并進而利用GENECHIP 3.1軟件(Affymetrix)進行分析。
將GENECHIP 3.1軟件生成的表達分析文件轉(zhuǎn)移至數(shù)據(jù)庫(Microsoft Access)，并鏈接至互聯(lián)網(wǎng)基因組數(shù)據(jù)庫(如NHLBI，或Swiss Prot)。
活組織檢查中感染劑的分析。當ILD患者反復發(fā)作炎癥時，檢驗活組織檢查的材料中是否存在感染劑。大部分情況是觀測到潛伏的皰疹病毒感染(采用Ganciclovir治療)以及多種細菌感染(采用多種抗生素治療)，或者少數(shù)真菌感染。
治療。采用干擾素γ的療法僅在成功預處理潛伏感染，以及評估內(nèi)源性疾病標記基因表達之后才開始。應用分子基因表達分析，繼而采用干擾素γ，可獲得令人驚訝的結(jié)果，即在統(tǒng)計學上高度顯著地提高了肺總?cè)萘?，同時也基本上提高了物理用力容量，統(tǒng)計學上顯著提高了休息時的動脈血氧分壓，并有力地緩解了疾病癥狀。這些結(jié)果表明基因表達分析與其后采用的干擾素γ的藥用組合能夠制衡間質(zhì)性肺疾病中的纖維形成反應，并有利地延長了IPF患者的存活期。
圖1a)描述了治療的初始資料#1。
長期治療期間基因轉(zhuǎn)錄水平
｜t｜｜↓免疫應答 傷口愈合圖2b)描述了在組織學上已證實患有UIP(開胸肺活檢)，且第#1次與第#2次之間的免疫抑制療法失敗的同一患者的肺總?cè)萘?TLC)，動脈血氧分壓(PaO2)，及用力肺活量(FVC)。
長期治療期間基因轉(zhuǎn)錄水平
｜t｜｜↓免疫應答傷口愈合圖1c)描述了第#1次與第#4次之間同一患者的相同資料。
長期治療期間基因轉(zhuǎn)錄水平
｜t｜｜↓免疫應答傷口愈合先采用CMV預處理，再進行選定基因的轉(zhuǎn)錄分析，繼而采用干擾素γ治療的方法可使患有這一致命疾病的患者病情穩(wěn)定。
權(quán)利要求
1.一種藥物組合物，包含
2.(i)干擾素γ(IFN-γ)，任選與一種藥物可接受載體，稀釋劑或賦形劑共同存在(ii)一個用于分子表征間質(zhì)性肺疾病(ILD)的多核苷酸庫，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列于ILD細胞內(nèi)或表達不足或過度表達(iii)一個用于分子表征感染劑的多核苷酸庫，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列是細菌、支原體、病毒、真菌或酵母所特有的。
3.根據(jù)權(quán)利要求1的藥物組合物，另外包含一種糖皮質(zhì)激素化合物。
4.一種藥物組合物，包含(i)聚乙二醇化的干擾素γ(PEG-IFN-γ)，任選與一種藥物可接受載體、稀釋劑或賦形劑共同存在(ii)一個用于分子表征間質(zhì)性肺疾病(ILD)的多核苷酸庫，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列于ILD細胞內(nèi)或表達不足或過度表達(iii)一個用于分子表征感染劑的多核苷酸庫，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列是細菌、支原體、病毒、真菌或酵母所特有的。
5.根據(jù)權(quán)利要求3的藥物組合物，另外包含一種糖皮質(zhì)激素化合物。
6.一種藥物組合物，包含(i)甲苯吡啶酮，任選與一種藥物可接受載體、稀釋劑或賦形劑共同存在(ii)一個用于分子表征間質(zhì)性肺疾病(ILD)的多核苷酸庫，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列于ILD細胞內(nèi)或表達不足或過度表達(iii)一個用于分子表征感染劑的多核苷酸庫，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列是細菌、支原體、病毒、真菌或酵母所特有的。
7.根據(jù)權(quán)利要求5的藥物組合物，另外包含一種糖皮質(zhì)激素化合物。
8.根據(jù)權(quán)利要求1-6的藥物組合物，用于治療特發(fā)性肺纖維化(IPF)。
9.根據(jù)權(quán)利要求1-6的藥物組合物，用于治療過敏性肺炎。
10.根據(jù)權(quán)利要求1-6的藥物組合物，用于治療硬皮癥。
11.根據(jù)權(quán)利要求1-6的藥物組合物，用于治療系統(tǒng)性紅斑狼瘡。
12.根據(jù)權(quán)利要求1-6的藥物組合物，用于治療類風濕性關節(jié)炎。
13.根據(jù)權(quán)利要求1-6的藥物組合物，用于治療丘-施綜合征、韋格納肉芽腫病，以及肺出血-腎炎綜合征。
14.根據(jù)權(quán)利要求1-6的多核苷酸庫，其中該序列用于分類ILD患者中良好和不良預后。
15.根據(jù)權(quán)利要求1-6的多核苷酸庫，其中該多核苷酸序列或亞序列與至少一個多核苷酸的任意組合對應，所述至少一個多核苷酸選自至少50％，優(yōu)選75％，更為優(yōu)選100％預先確定的多核苷酸組所包括的那些多核苷酸。
16.根據(jù)權(quán)利要求1-6的多核苷酸庫，其中該多核苷酸被固定于固體支持物上，以形成多核苷酸陣列。
17.根據(jù)權(quán)利要求1-6的多核苷酸庫，其中支持物選自尼龍膜、硝酸纖維素膜、載玻片、玻璃珠、玻璃支持物上的膜，或硅片。
18.根據(jù)權(quán)利要求1-6的多核苷酸庫，其中利用表達圖譜圖像確定患有ILD或易患ILD素質(zhì)的方法包括下列步驟(a)從臨床診斷患有肺疾病，或具有家族性易患ILD素質(zhì)的個體分離材料，(b)將選自由該個體分離或生成的mRNA、多核苷酸、寡核苷酸、cDNA、蛋白質(zhì)或其功能片段的分子探針作為配體(c)使作為配體的分子探針與一組固定的受體接觸，該固定的受體選自多核苷酸、寡核苷酸或cDNA探針和抗體或其功能片段，具體代表一組基因，該組基因分別是存在ILD或具有易患ILD素質(zhì)，或待分子診斷的感染所涉及的，并且定性且定量地檢測結(jié)合的配體/受體復合體的存在，從而獲得一個代表待診斷個體當前狀況的表達圖譜圖像，(d)將步驟(c)中獲得的表達圖譜圖像與正常個體的表達圖譜圖像、患有臨床相似疾病的個體的表達圖譜圖像，和/或具有易患ILD素質(zhì)或正經(jīng)受待診斷ILD的個體的表達圖譜圖像進行比較，并(e)從而以步驟(d)中所獲得的比較結(jié)果作為基礎。
19.根據(jù)權(quán)利要求1-6的藥物組合物，其中用于分子表征間質(zhì)性肺疾病(ILD)的多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或亞序列集合，該序列或亞序列由選自一組下面所指出的候選基因的基因所限定、與其相關或由其衍生的一組序列PTH-反應性骨肉瘤B1蛋白，AF095771.1染色質(zhì)的基質(zhì)相關，肌動蛋白依賴性調(diào)節(jié)因子，亞家族f，成員1，AF231056.1肺及食道癌1中缺失的(DLEC1)，NM_007337.1主要組織相容性復合體，II類，DQ β1，AW276186SB II類組織相容性抗原α鏈，AI128225粘蛋白4，氣管支氣管，AJ242547.1叉頭盒J1(FOXJ1)，U69537.1假定蛋白FLJ21616，NM_024567.1神經(jīng)元特異性轉(zhuǎn)錄因子DAT1，AF258348.1造血PBX相互作用蛋白，BF344265脯氨酸氧化酶同源物，AA074145粘蛋白5，亞型B，氣管支氣管，AI697108高爾基膜蛋白GP73，AF236056.1ATP檸檬酸裂解酶，U18197.1NG22蛋白，NM_025257.1cDNA DKFZp434A2322，AL137706.1肝細胞核因子3，α，U39840.1主要組織相容性復合體，II類，DQ α1，X00452.1肌球蛋白調(diào)節(jié)輕鏈2，平滑肌同工型，J02854.1plexin B1，AV693216丙酮酸激酶，肌肉，BC000481.1四次跨膜蛋白TM4-C，AF133425.1胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(36kD)，BC004312.1FLJ13945 fis，克隆Y79AA1000969，AU160041假定蛋白DKFZp586M1120，NM_031294.1CD24信號轉(zhuǎn)導物，L33930假定蛋白FLJ23571，NM_025111.1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶M2(肌肉)，M63509.1鈣粘素1，1型，E-鈣粘素(上皮)，L08599.1NTT5蛋白，AF265578.1脂質(zhì)運載蛋白2(致癌基因24p3)，NM_005564.1強直性肌營養(yǎng)不良激酶(DM激酶)，L08835解偶聯(lián)蛋白2(線粒體，質(zhì)子載體)，U76367.1動力蛋白中間鏈2，NM_023036.1discoidin受體酪氨酸激酶同工型b，discoidin域受體家族，成員1，NM_001954.2精子相關抗原6，AF079363.1假定蛋白FLJ23049，NM_024687.1鼻咽上皮特異性蛋白1，AF094758.1核受體亞家族4，A群，成員2，NM_006186.1假定蛋白FLJ22215，BC003543.1非特異性交叉反應抗原，M18728.1淀粉酶，α1A；唾液的(AMY1A)，NM_004038.1癌胚抗原相關細胞粘附分子6(非特異性交叉反應抗原)，BC005008.1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶亞單位4(EC2.5.1.18)，X08020.1含SH3蛋白SH3GLB2，AF257319.1KDEL(Lys-Asp-Glu-Leu)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白保留受體1，NM_006801.1anterior gradient 2(非洲爪蟾)同源物，AF038451.1sv7-MUC4 apomucin，粘蛋白4，氣管支氣管，AJ242547.1stratifin，BC000329.1結(jié)締組織生長因子，M92934.1細胞色素P450-IIB(hIIB3)，M29873.1細絲蛋白A，α(肌動蛋白結(jié)合蛋白-280)，AW051856膜糖蛋白LIG-1，AB050468.1E74樣因子3(ets域轉(zhuǎn)錄因子，上皮特異性)，U73844.1彈性蛋白(心瓣膜上主動脈狹窄，Williams-Beuren綜合征)，M36860.1ephrin受體EPHA3，AF213459.1原纖蛋白1(Marfan綜合征)，L13923.1discs，大(果蠅)同源物1，U13896.1類賴氨?；趸傅鞍?(LOXL1)，L21186.1calumenin，U67280.1雄性生殖細胞相關激酶，NM_005906.2網(wǎng)蛋白1，中間絲結(jié)合蛋白，500kD，Z54367過氧化物酶體生物合成因子1，AF026086.1肥大細胞類胰蛋白酶βIII，AF099143共濟失調(diào)-毛細管擴張D群-相關蛋白，AF230388.1假定蛋白FLJ10921，NM_018272.1二聚糖蛋白，BC002416.1BLu蛋白，AC002481CGI-92蛋白，AF151850.1連接蛋白-相關蛋白復合體1，mu2亞單位，BC003387.1角蛋白15，BC002641.1B7蛋白，U72508.1S100鈣結(jié)合蛋白A2，BC002829.1MUF1蛋白，BC004953.1膽甾醇25-羥化酶，AF059214.1胞苷單磷酸-N-乙酰神經(jīng)氨酸羥化酶(CMP-N-乙酰神經(jīng)氨酸單加氧酶)，AF074480.1神經(jīng)纖毛蛋白2，AF022859.1Fas-相互作用絲氨酸蘇氨酸激酶3，同源結(jié)構(gòu)域-相互作用蛋白激酶3，AF305239.1解離素及金屬蛋白酶28區(qū)(ADAM28)，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物變體2，AF137334.1cDNA DKFZp434A119，AW663632補體成分6，J05064.1細胞角蛋白17，Z19574無翼型MMTV整合位點家族，成員5A，AI968085基質(zhì)金屬蛋白酶7(基質(zhì)溶素，子宮)，BC003635.1leiomodin 1(平滑肌)，NM_012134.1Cip1-相互作用鋅指結(jié)構(gòu)蛋白，AB030835.1細胞周期蛋白依賴性激酶抑制因子1A(p21，Cip1)，BC000275.1整合素，α7，AF032108.1DKFZp586G011蛋白，BG289527脂肪酸結(jié)合蛋白6，回腸(gastrotropin)，U19869.1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶M4，M96234.1與糖尿病有關的Ras相關基因，L24564.1claudin 3，AB000714.1基質(zhì)金屬蛋白酶10(基質(zhì)溶解素2)，BC002591.1fibulin 2，NM_001998.1絲氨酸蘇氨酸激酶11(STK11)，AF035625真核翻譯起始因子1AAF000987.1DEADH(Asp-Glu-Ala-AspHis)盒多肽AF000985.1核糖體蛋白S4AF116711.1泛素特異性蛋白酶9AF000986.2SMC(小鼠)同源物U52191.1髓鞘堿性蛋白L18865.1S100鈣結(jié)合蛋白NM_005980.1Jagged2(JAG2)AF003521.1潛伏轉(zhuǎn)化生長因子β結(jié)合蛋白4NM_003573.1微管結(jié)合蛋白，RPEB家族，成員3AB025186.1未知(MGC2854的蛋白)BC003629.1克隆＝IMAGE-2406340AI830563水孔3蛋白(水通道)的AQP3基因AB001325cDNA DKFZp434A119有孔內(nèi)皮連接的結(jié)構(gòu)蛋白(FELS)，PV1蛋白(PLVAP)AF326591.1LUNX蛋白；PLUNC(腭、肺及鼻上皮細胞克隆)；氣管上皮富集蛋白(LOC51297)AB024937.1RAB，RAS致癌基因家族成員類似物2AAF095350.1染色體11開放讀碼框架16NM_020643.1假定蛋白FLJ23049NM_024687.1假定蛋白FLJ11767NM_024593.1動力蛋白，基因絲，中間多肽AF091619.1腦特異性蛋白(LOC51673)AF132972.1MUC4 apomucin，粘蛋白4，氣管支氣管AJ242547.1肌強直素蛋白激酶(DM)M87313.1細胞角蛋白4X07695.1KIAA0362基因，MCF.2細胞系來源轉(zhuǎn)化序列的類似序列AB002360.1細胞角蛋白17Z19574LIM區(qū)蛋白BC003096.1E74樣因子3(ets域轉(zhuǎn)錄因子，上皮特異性)U73844.1脂肪酸結(jié)合蛋白6，回腸(gastrotropin)U19869.1精子相關抗原6AF079363.1無眼(果蠅)同源物2U71207.1磷脂酸磷酸酶2C型BC002806.1環(huán)氧化物水解酶2，細胞質(zhì)AF233334.1微管蛋白，β，2BC002783.1熱休克蛋白105kDD86956.1絨毛蛋白2(ezrin)J05021.1解離素及金屬蛋白酶28區(qū)(ADAM28)，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物變體3AF137335.1肺及食道癌1中缺失的基因NM_007337.1花生四烯酸15-脂氧合酶NM_001140.1UDP轉(zhuǎn)糖酶家族1，多肽A1M57899.1假定蛋白PRO2834AF119903.1外源凝集素，結(jié)合半乳糖苷，可溶，7(半乳糖凝集素7)L07769.1B7蛋白U72508.1ephrin受體EPHA3AF213459.1叉頭盒J1U69537.1BLu蛋白U70824.1醛脫氫酶家族3，成員A1BC004370.1NG22蛋白NM_025257.1可誘導的小細胞因子亞家族A(Cys-Cys)，成員14NM_004166.1富半胱氨酸蛋白1(腸內(nèi))BC002738.1類似RAYRAB1C的假定GTP-結(jié)合蛋白BC000566.1整合素，β4NM_000213.1絲氨酸(或半胱氨酸)蛋白酶抑制因子，進化枝B(卵白蛋白)，成員5(SERPINB5)U04313.1與糖尿病有關的Ras相關基因L24564.1肝白血病因子M95585.1角蛋白15BC002641.1核受體亞家族4，A群，成員2NM_006186.1唾液酸轉(zhuǎn)移酶U14550.1谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶M2(肌肉)M63509.1假定蛋白FLJ13110NM_022912.1S100鈣結(jié)合蛋白A2NM_005978.2膠原蛋白，VII型，α1(大皰性表皮松解，營養(yǎng)不良，顯性和隱性)L02870.1claudin 3AB000714.1胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白6BC003507.1成纖維細胞生長因子受體2(細菌表達的激酶，角化細胞生長因子受體，顱面骨發(fā)育不全，Crouzon綜合征，Pfeiffer綜合征，Jackson-Weiss綜合征)M80634.1胰島素樣生長因子1受體NM_000875.2胰島素樣生長因子結(jié)合蛋白2(36kD)M35410.1共濟失調(diào)毛細管擴張D群相關蛋白AF230388.1角蛋白5(大皰性表皮松解，Dowling MearaKobnerWeber-Cockayne型)M21389.1Duffy血型U01839.1轉(zhuǎn)化生長因子β1NM_000660分類連接素10(SNX10)，AF121860.1磷脂酶A1，IIA群(血小板，滑液)，M22430.1血紅蛋白α-1珠蛋白鏈(HBA1)，AF349571.1巨噬細胞清道夫受體1，AI299239表面活性，肺相關蛋白C，BC005913.1解離素蛋白酶(M12.219)，NM_014479.1視黃醇結(jié)合蛋白4，間質(zhì)，AF119868.1主要組織相容性復合體，II類，DRβ3，M27635.1脂細胞脂肪分化相關蛋白，BC005127.1血紅蛋白，δ，NM_000519.2β-2-微球蛋白，AW188940血紅蛋白，α2，BC005931.1蛋白C受體，內(nèi)皮(EPCR)，L35545.1胸腺素，β10，M92381.1載脂蛋白C-I，W79394假定蛋白，AL133067.1蛋白聚糖4，(巨核細胞刺激因子，關節(jié)淺表區(qū)蛋白)，U70136.1tetranectin(纖維蛋白溶酶原結(jié)合蛋白)，NM_003278.1血小板因子4，M25897.1組織因子途徑抑制因子2，BC005330.1脂肪酸結(jié)合蛋白4，脂細胞，BC003672.1組織蛋白酶B(CTSB)，M14221.1跨膜4超家族成員1，M90657.1MHC I類HLA-B51主要組織相容性復合體，I、E類，M31183.1內(nèi)皮PAS區(qū)蛋白1，U51626.1Apo-2配體腫瘤壞死因子(配體)超家族，成員10，U37518.1結(jié)合珠蛋白相關蛋白，NM_020995.1Rho鳥嘌呤交換因子(GEF)12，AF119898.1主要組織相容性復合體，II類，DRβ5，M11867.1干擾素，γ可誘導蛋白30，AF097362.1鐵蛋白，輕多肽，BG537190prosaposin(變異Gaucher病及變異異染性腦白質(zhì)營養(yǎng)不良)，BC004275.1鈣結(jié)合蛋白A4(calvasculin，metastasin)，NM_002961.2血紅蛋白，β，M25079.1CDW52抗原(CAMPATH-1抗原)，BC000644.1醛脫氫酶家族1，成員A2，AB015226.1組織蛋白酶Z，AF032906.1MHC HLA-B39主要組織相容性復合體，I、B類，L37880.1主要組織相容性復合體，II類，DQα1，M33906.1成纖維細胞生長因子9(神經(jīng)膠質(zhì)活化因子)，D14838.1血紅蛋白，α2，AF097635.1轉(zhuǎn)鐵蛋白受體(p90，CD71)，BC001188.1補體成分3(C3)，K02765.1cDNA DKFZp564D066，AL050025.1補體成分1，q亞組分，β多肽，NM_000491.2可誘導的小細胞因子家族A(Cys-Cys)，成員18，肺部且活化調(diào)節(jié)的，AB000221.1reticulon 1，L10333.1主要組織相容性復合體，II類，DRβ1，M33600.1結(jié)合珠蛋白，L29394.1酸性磷酸酶5，酒石酸鹽抗性，J04430.1細胞色素P450，XXVIIA亞家族(類固醇27-羥化酶，腦腱性黃瘤病)，多肽1，M62401.1CD36抗原(膠原蛋白I型受體，血小板敏感蛋白受體)，M24795.1鈣結(jié)合蛋白2，(29kD，calretinin)，NM_001740.2α-2-HS-糖蛋白，BG538564cDNA DKFZp564A132，AL049963.1纖維結(jié)合素1，AF130095.1磷酸二酯酶4C，cAMP特異性，NM_000923.1轉(zhuǎn)錄因子7(T細胞特異性，HMG-box)，NM_003202.1發(fā)現(xiàn)于炎癥區(qū)的基因3(FIZZ3)，AF323081.1claudin15，NM_014343.1羧肽酶B1(組織)，M81057.1假定蛋白FLJ14054，NM_024563.1骨髓間質(zhì)細胞抗原1，D21878.1白細胞間介素7受體，M29696.1原骨膠原C-肽鏈內(nèi)切酶增強子2，AF098269.1鈣結(jié)合蛋白A8(鈣粒蛋白A)，AW238654eDNA DKFZp564D193，AL049252.1主要組織相容性復合體，II類，DPβ1，J03041.1人白細胞抗原Cα鏈，主要組織相容性復合體，I、C類，AK024836.1BCM樣膜蛋白前體，AF144235.1CD14抗原，M86511.1肺表面活性蛋白(SP5)，J03553信號轉(zhuǎn)導物和轉(zhuǎn)錄活化因子1，91kD，BC002704.1Wilms腫瘤1(WT1)，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物變體D，NM_024424.1annexin A8，BC004376.1具有膠原結(jié)構(gòu)的巨噬細胞受體，MARCO，AF035819.1表面活性，肺相關蛋白A2，NM_006926.1溶質(zhì)載體家族6(神經(jīng)傳遞素轉(zhuǎn)運體，血清素)，成員4，L05568.1幾丁質(zhì)酶1(chitotriosidase)，U29615.1肺I型細胞膜相關糖蛋白，AU154455纖維結(jié)合素富亮氨酸跨膜蛋白2，AB007865.1γ氨基丁酸(GABA)A受體，α5，BF966183假定蛋白FLJ12983，NM_024856.1唾液酸蛋白(gqL115，白細胞唾液酸蛋白，CD43)，J04536.1小腦變性相關蛋白(34kD)，M16965.1羥酸氧化酶2(長鏈)，羥基-δ-5-類固醇脫氫酶(3β-及類固醇δ-異構(gòu)酶2)，AL359553克?。絀MAGE1032795＝Hs.83623核受體亞家族1，I群，成員3可誘導的小細胞因子亞家族C，成員2NM_003175.1與豬的?；窠?jīng)氨(糖)酸裂解酶類似的假定蛋白NM_030769.1纖維蛋白原，γ多肽AF118092.1血小板敏感蛋白1NM_003246.1SAM區(qū)，SH3區(qū)及核定位信號，1AF222927.1類幾丁質(zhì)酶3蛋白1(軟骨糖蛋白-39)M80927.1組織蛋白酶ZAF032906.1克?。絀MAGE3579023膠原蛋白，XIV型，α1(粗纖維調(diào)節(jié)素)氯化物細胞內(nèi)通道2NM_001289.2γ干擾素誘導的單核因子NM_002416.1KIAA0433蛋白NM_015216.1腫瘤壞死因子，α誘導蛋白6NM_007115.1信號傳導子與轉(zhuǎn)錄活化因子1，91kDBC002704.1血小板敏感蛋白2L12350.1膠原蛋白，IV型，α3(Goodpasture抗原)NM_000091.1整合素，β樣1(具有類EGF重復區(qū))AF072752.1diubiquitinNM_006398.1蛋白酶，半胱氨酸，1(legumain)D55696.1細胞色素P450，亞家族I(二惡英可誘導)，多肽1(青光眼3，原發(fā)性早期)U03688.1整合素，α1X68742.1GABA-B受體，G蛋白偶聯(lián)受體51AF056085.1KIAA1199蛋白AB033025.1膠原蛋白，V型，α2NM_000393.1白細胞間介素13受體，α2U70981.1線粒體內(nèi)膜轉(zhuǎn)位酶8(酵母)同源物ABC005236.1類固醇硫酸酯酶(微粒體)，芳基硫酸酯酶C，同功酶SM16505.1克?。絀MAGE1982571 ATP酶，轉(zhuǎn)運H+，溶酶體(空泡型質(zhì)子泵)9kD蛋白聚糖4，(巨核細胞刺激因子，關節(jié)淺表區(qū)蛋白)U70136.1副層粘蛋白nidogen(enactin)M30269.1KIAA1598蛋白AU157109血管細胞粘附分子1M60335.1鳥苷酸結(jié)合蛋白1，干擾素可誘導，67kDBC002666.1cDNA DKFZp586E1124載脂蛋白H(β-2-糖蛋白I)M62839.1核糖體蛋白L37aBE857772cDNA DKFZp564A132組織蛋白酶SM86553.1解離素及金屬蛋白酶9區(qū)(meltrinγ)(ADAM9)U41766.1鋅指結(jié)構(gòu)蛋白331AF272148.1溶酶體相關膜蛋白2J04183.1羧肽酶MNM_001874.1膠原蛋白，I型，α2NM_000089.1P311蛋白U36189.1KIAA0372基因產(chǎn)物AB002370.1人T細胞特異性蛋白RANTESM21121干擾素γ可誘導吲哚胺2，3-加雙氧酶(IDO)M34455.1假定蛋白FLJ10430NM_018092.1轉(zhuǎn)錄因子ISGF-3M97935類白細胞間介素1受體蛋白1(IL1RL1)NM_003856.1假定α趨化因子(H174)，可誘導的小細胞因子亞家族B(Cys-X-Cys)，成員11AF002985.1可誘導的小細胞因子亞家族B(Cys-X-Cys)，成員10NM_001565.1中胚層特異性轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(小鼠)同源物BC002413.1羧肽酶B樣蛋白AB011969.1CD2抗原(p50)，綿羊紅血球細胞受體M16445干擾素，α可誘導蛋白(克隆IFI-6-16)NM_022872.1RAS脒基釋放蛋白1(鈣和DAG調(diào)節(jié)的)AF081195.1脂肪酶，內(nèi)皮AF118767.1脂肪酸輔酶A連接酶，長鏈4NM_022977.1klothoAB005142.1硫酸軟骨素蛋白聚糖2(versican)NM_004385.1假定蛋白，表達于成骨細胞中AB000115.1CD14抗原M86511.1CGI-83蛋白BC000878.1亮氨酸氨肽酶AF061738.1UDP-GalβGlcNAc β1，3-半乳糖轉(zhuǎn)移酶，多肽3AB050855.1protocadherinα12AF152308.1神經(jīng)多糖CAF059274neuroliginAI338338HSPC156蛋白AF161505.1假定蛋白FLJ13310NM_025118.1嗜酸性粒細胞趨化因子(TSA1902)AB025008.1氨肽酶AF191545.1semaphorin sem2AB029496.1protocadherin 12AF231025.1X轉(zhuǎn)運蛋白3NM_020208.1跨膜4超家族成員(四次跨膜NET-2)AF124522.1假定蛋白FLJ10970NM_018286.1穿孔蛋白1(成孔蛋白)M28393.1自然殺傷細胞族群7序列NM_005601.1假定蛋白DKFZp761N09121BF435376整合素，α4(抗原CD49D，VLA-4受體的α4亞單位)BG532690類幾丁質(zhì)酶3蛋白2U58515.1FYN致癌基因N20923松弛素1(H1)BC005956.1羥基前列腺素脫氫酶15-(NAD)U63296.1磺基轉(zhuǎn)移酶家族，細胞溶質(zhì)，1C，成員1AF186254.1TGF-b超家族受體I型L17075.1顆粒酶B(顆粒酶2，細胞毒性T淋巴細胞相關絲氨酸酯酶1)M36118.1半胱氨酸蛋白酶抑制素F(白細胞半胱氨酸蛋白酶抑制素)AF031824.1G蛋白發(fā)信號調(diào)節(jié)因子Z(RGSZ1)AF060877.1克隆MGC12387M16942.1鋅-α2-糖蛋白D90427.1BCG誘導的內(nèi)在膜蛋白BIGMo-103AB040120.1nectin樣蛋白2(NECL2)AF132811.1CD209抗原類似物AB015629.1溶質(zhì)載體家族6(神經(jīng)傳遞素轉(zhuǎn)運體，血清素)，成員4L05568.1MAD(mothers against decapentaplegic，果蠅)同源物6U59914.1latrophilinAF104939.1血小板因子4M25897.1降鈣素受體類似物L76380.1matrilin 3NM_002381.2溶質(zhì)載體家族14(尿素轉(zhuǎn)運體)，成員1(Kidd血型)U35735.1白細胞間介素7受體M29696.1MAP激酶激酶6(MKK6)，有絲分裂原活化的蛋白激酶激酶6U39656.1protocadherin 17AF029343.1顆粒溶解酶NM_006433.2干擾素刺激的蛋白，15kDa(ISG15)M13755.1鈣粘素5，2型，VE-鈣粘素(血管上皮)U84722.1血栓調(diào)節(jié)蛋白M16552.1干擾素，α可誘導蛋白27NM_005532.1干擾素-γX87308及其等位變體或突變體以及特異于感染劑的序列，包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列是分支桿菌種、支原體種、金黃色葡萄球菌、鏈球菌種、包柔氏螺旋體菌、梅毒螺旋體、問號鉤端螺旋體、空腸彎曲桿菌；大腸桿菌、EPEC、ETEC、EIEC、EHEC腸沙門氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌、氣單胞菌種、胚胎彎曲桿菌、粘膜炎莫拉氏菌、布魯氏菌種、弓形體、腸沙門氏菌、志賀桿菌種、霍亂弧菌、銅綠假單胞菌、洋蔥伯克霍爾德菌、嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌、鮑氏不動桿菌、醋酸鈣不動桿菌、克雷白桿菌屬、腸桿菌屬、檸檬酸細菌屬、變形菌、沙雷氏菌屬、摩根菌屬、普羅威登斯菌屬、人心桿菌、腐蝕?？暇㈥幍兰拥轮Z菌、肉芽腫鞘桿菌、類桿菌屬、卟啉單胞菌屬、普雷沃菌屬、梭菌屬、普氏立克次體、桿菌狀巴爾通體、漢氏巴爾通體、衣原體種、酵母、真菌、逆轉(zhuǎn)錄病毒、腺病毒、肝DNA病毒、皰疹病毒、流感病毒、副粘液病毒所特有的。
20.一種藥物試劑盒的用途，所述試劑盒包含(i)一個含有IFN-γ的包裝，(ii)一個含有用于分子表征間質(zhì)性肺疾病(ILD)的多核苷酸庫的包裝，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列于ILD細胞內(nèi)或表達不足或過度表達(iii)一個含有用于分子表征感染劑的多核苷酸庫的包裝，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列是細菌、支原體、病毒、真菌或酵母所特有的。
21.根據(jù)權(quán)利要求19的藥物試劑盒的用途，所述試劑盒進一步包含含有一種糖皮質(zhì)激素化合物的包裝。
22.一種藥物試劑盒的用途，所述試劑盒包含(i)一個含有聚乙二醇化的干擾素γ的包裝，(ii)一個含有用于分子表征間質(zhì)性肺疾病(ILD)的多核苷酸庫的包裝，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列于ILD細胞內(nèi)或表達不足或過度表達(iii)一個含有用于分子表征感染劑的多核苷酸庫的包裝，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列是細菌、支原體、病毒、真菌或酵母所特有的。
23.根據(jù)權(quán)利要求21的藥物試劑盒的用途，所述試劑盒進一步包含含有一種糖皮質(zhì)激素化合物的包裝。
24.一種藥物試劑盒的用途，所述試劑盒包含(i)一個含有甲苯吡啶酮的包裝，(ii)一個含有用于分子表征間質(zhì)性肺疾病(ILD)的多核苷酸庫的包裝，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列于ILD細胞內(nèi)或表達不足或過度表達(iii)一個含有用于分子表征感染劑的多核苷酸庫的包裝，該多核苷酸庫包含一個多核苷酸序列或其亞序列集合，其中該序列或亞序列是細菌、支原體、病毒、真菌或酵母所特有的。
25.根據(jù)權(quán)利要求23的藥物試劑盒的用途，所述試劑盒進一步包含含有一種糖皮質(zhì)激素化合物的包裝。
26.根據(jù)權(quán)利要求19-24的藥物試劑盒的用途，用于生產(chǎn)治療間質(zhì)性肺疾病(ILD)所用的藥物。
27.根據(jù)權(quán)利要求19-25的藥物試劑盒的用途，其中是將單劑的IFN-γ給予個體，其量是2.0-3.0μg/kg體重。
28.根據(jù)權(quán)利要求19-26的藥物試劑盒的用途，其中是將單劑的糖皮質(zhì)激素化合物給予個體，其量是100-150μg/kg體重。
29.根據(jù)權(quán)利要求19-27的藥物試劑盒的用途，其中干擾素γ或聚乙二醇化的干擾素γ是通過吸入方式給予個體。
30.治療間質(zhì)性肺疾病(ILD)或其相關形式的方法，包括將根據(jù)權(quán)利要求1-6任意一項的藥物組合物或根據(jù)權(quán)利要求19-28任意一項的藥物試劑盒給予個體。
31.根據(jù)權(quán)利要求29的方法，其中是將單劑的IFN-γ給予個體，其量是2.0-3.0μg/kg體重。
32.根據(jù)權(quán)利要求29或30的方法，其中是將單劑的糖皮質(zhì)激素化合物給予個體，其量是100-150μg/kg體重。
全文摘要
本發(fā)明涉及改進治療肺疾病，尤其是所有形式的間質(zhì)性肺疾病所用的新型藥物組合物，該藥物組合物包含干擾素－γ或甲苯吡啶酮，以及候選多核苷酸的診斷陣列。本發(fā)明將分子診斷與臨床療法的結(jié)合描述為可降低間質(zhì)性肺疾病死亡率，并改善其疾病管理的新型藥療準則。
文檔編號A61P37/02GK1620309SQ02828206
公開日2005年5月25日 申請日期2002年12月12日 優(yōu)先權(quán)日2001年12月18日
發(fā)明者D·貝維克, R·茨舍 申請人:蒙多生物技術(shù)實驗室